Сергей Аноприенко родился 24 ноября 1970 г. в г. Новый Оскол Белгородской области. В 1992 г. окончил Московское высшее общевойсковое командное училище им. Верховного Совета Российской Федерации, в 2011 г. - Российскую академию народного хозяйства и государственной службы при Президенте Российской Федерации, в 2016 г. - аспирантуру Института менеджмента, экономики и инноваций.
До 2012 г. работал в МЧС России. В 2012 г. поступил на государственную гражданскую службу в Федеральное агентство по управлению государственным имуществом. С 2016 г. занимал должность начальника Управления имущества федеральных органов власти и организаций в сфере обороны и безопасности Федерального агентства по управлению государственным имуществом. В 2017 г. назначен заместителем руководителя Федерального агентства по управлению государственным имуществом.